Может ли компания-работодатель устанавливать сумму выплат по собственному (внутреннему) распорядку компании?

Не соответствует. Работодатель не имеет права устанавливать сумму выплат по своему усмотрению в той части, которая устанавливается законодательством.

"Письмо Фонда социального страхования РФ от 14 июля 2005 г. N 02-18/07-6348

В связи с многочисленными обращениями по вопросу изменений, внесенных постановлением Правительства Российской Федерации от 10 июня 2005 года N 368 "О внесении изменений в постановление Правительства Российской Федерации от 4 сентября 1995 г. N 883", в подпункт "а" пункта 7 Положения о порядке назначения и выплаты государственных пособий гражданам, имеющим детей, утвержденного постановлением Правительства Российской Федерации от 4 сентября 1995 года N 883, в части определения размера пособия по беременности и родам с учетом непрерывного трудового стажа, сообщаем, что ранее аналогичные изменения были внесены в статью 8 Федерального закона от 19 мая 1995 года N 81-ФЗ "О государственных пособиях гражданам, имеющим детей".

В письме Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации от 16 декабря 2004 года N 1608-ВС (письмо Фонда социального страхования Российской Федерации от 12.01.2005 N 02-18/07-81 "Об исчислении пособий по беременности и родам") сообщалось, что в настоящее время законодательство, регулирующее обязательное социальное страхование в части учета непрерывного стажа работы для определения размера пособия по беременности и родам, отсутствует, иные применяемые нормативные правовые акты об обязательном социальном страховании не содержат норм об учете продолжительности непрерывного трудового стажа для предоставления пособия по беременности и родам.

Действие вышеназванного письма сохраняется и в настоящее время. В связи с этим, до принятия соответствующих законодательных актов, как и ранее, пособие по беременности и родам продолжает выплачиваться в размере среднего заработка независимо от непрерывного трудового стажа.

Заместитель председателя Фонда Л.Н. Рау"