Как правильно оформить взаимоотношения между ООО и ИП при назначении последнего на должность управляющего?

1. Учредитель в ООО является гендиректором. ИП берет как консультанта. Взаимоотношения ясны: гендиректор сам ведет всю деятельность и является ЕИО, а услуги консультанта оплачивает по договору. Здесь вопрос - можно ли эти расходы (услуги консультанта) оценивать как расходы?

Если это будут расходы, связанные с извлечением дохода, то эти расходы можно принять, но так как лица взаимозависимые спора с ИФНС не избежать.

2. Учредитель в ООО не является гендиректором, а хочет на эту должность поставить ИП. Как в этом случае происходят взаимоотношения? кто является ЕИО? Как оплачивается работа ИП? Может ли вообще ИП быть гендиректором и получать оплату своего труда по договору оказания услуг?

Конечно может ИП быть директором, он и будет ЕИО в ООО и будет значится в выписке у ИФНС, как ЕИО. И получать зарплату будет. Согласно ст. 346.16 НК РФ Статья 346.16. Порядок определения расходов

1. При определении объекта налогообложения налогоплательщик уменьшает полученные доходы на следующие расходы:

6) расходы на оплату труда,

15) расходы на бухгалтерские, аудиторские и юридические услуги;

Тогда это просто работник будет и цели уменьшить доходы на расходы Вы не достигните.

И чем грозит то, что учредитель ООО и ИП - взаимозависимые лица (муж и жена) ?

Ничем не грозит, кроме более пристального внимания к ценам на услуги, в силу ст.40 НК РФ 2. Налоговые органы при осуществлении контроля за полнотой исчисления налогов вправе проверять правильность применения цен по сделкам лишь в следующих случаях:

(в ред. Федерального закона от 09.07.1999 N 154-ФЗ)

1) между взаимозависимыми лицами;