Как поступить с беременными сотрудницами, работающими по срочному договору до окончания заказчика?

Во всяком случае в соответствии с ТК РФ вы обязаны продлить с ними трудовые договоры..ну найдите им какую нибудь работу.

Расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременной женщиной не допускается, за исключением случаев ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем.

(в ред. Федерального закона от 12.11.2012 N 188-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

В случае истечения срочного трудового договора в период беременности женщины работодатель обязан по ее письменному заявлению и при предоставлении медицинской справки, подтверждающей состояние беременности, продлить срок действия трудового договора до окончания беременности. Женщина, срок действия трудового договора с которой был продлен до окончания беременности, обязана по запросу работодателя, но не чаще чем один раз в три месяца, предоставлять медицинскую справку, подтверждающую состояние беременности. Если при этом женщина фактически продолжает работать после окончания беременности, то работодатель имеет право расторгнуть трудовой договор с ней в связи с истечением срока его действия в течение недели со дня, когда работодатель узнал или должен был узнать о факте окончания беременности.

Та же 261 ТК РФ. Вы же их не на период декретного отпуска приняли....так что должны продлить...