Как предотвратить судебное разбирательство при временном отстранении работника и не начислении зарплаты из-за уголовного дела?

Отстранение работника от работы (занимаемой должности) носит временный характер (на период действия обстоятельств, в связи с которыми работник был отстранен от работы) и не является основанием увольнения работника по инициативе администрации.

Отстраненный от работы работник после прекращения действия обстоятельств, послуживших основанием для его отстранения, вновь допускается к работе (занимаемой должности).

Увольнение такого работника по инициативе администрации возможно только по основаниям, предусмотренным ст.ст.81, 88, 278 ТК РФ. При этом увольнение работника, отстраненного от работы, в общем никак не связано с отстранением от работы и невозможно без наличия оснований, предусмотренных названными статьями.

Ну и

Согласно ст.391 Трудового кодекса Российской Федерации (далее - ТК РФ) непосредственно в судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям работника о восстановлении на работе независимо от оснований прекращения трудового договора, об изменении даты и формулировки причины увольнения, о переводе на другую работу, об оплате за время вынужденного прогула либо о выплате разницы в заработной плате за время выполнения нижеоплачиваемой работы. В соответствии со ст.396 ТК РФ решение о восстановлении на работе незаконно уволенного работника, о восстановлении на прежней работе работника, незаконно переведенного на другую работу, подлежит немедленному исполнению. При задержке работодателем исполнения такого решения орган, принявший решение, выносит определение о выплате работнику за все время задержки исполнения решения среднего заработка или разницы в заработке. Статьей 234 ТК РФ предусмотрена обязанность работодателя возместить работнику материальный ущерб, причиненный в результате незаконного лишения его возможности трудиться.

Обычно в таких случая, работнику предлагается материальная компенсация, хорошая формулировка при увольнении - а это обоюдное желания сторон.