Ей было сказано, что в течение трех лет она будет освобождена от уплаты подоходного налога.

В соответствии со ст.3 п.6 в) "Закона о подоходном налоге с физических лиц" из налогооблагаемой базы по подоходному налогу исключаится суммы, направленные на приобретение жилья в пределах 5000 МРОТ (5000х83,49), учитываемого за 3-х летний период, а также суммы, направленные на погашение кредитов и % по ним, полученных физическими лицами в банках и других кредитных организациях на эти цели. Эти суммы не могут превышать размер совокупного дохода физических лиц за указанный период.Скорее всего в бухгалтерии Вашей жены решили всю положенную льготу предоставить в 2000г. Дело в том, что разница в предоставлении этой льготы довольно существенная между старым Законом и второй частью Налогового кодекса(большая максимальня сумма льготы,снято трехлетнее ограничение), но самая существенная для Вас разница в том, что в соответствии со ст.220 НК РФ имущественный налоговый вычет, связанный с приобретением жилья, будет предоставлять только налоговая инспекция. В соответствии с общим правилом вступления актов законодательства в силу, на оставшуюся часть льготы, которую Вы не выбрали в течение предыдущих лет с 01.01.2001г. должно распространяться действие ст.220 НК РФ, но пока дополнительных разъяснений по этому поводу МНС не давало.