Генеральный директор организации столкнулся с угрозой судебного разбирательства в связи с недоразумением со сотрудником

Здравствуйте, Ваш вопрос к сожалению обрывается (из прикрепленного файла видно, что Вы вызваны для дачи объяснений по факту нарушения трудового законодательства в отношении одного из работников, но суть и конкретика к сожалению не понятны и в вопросе (он не до конца отобразился) этого не видно...

Вас вызовут на опрос, обязаны явиться и дать ответ по существу имеющегося.

Его никто не увольнял, з/п выплачна О какой компенсации может идти речь Если его на данный момент вообще можно уволить по статье за прогул

Предоставьте в прокуратуре Акт об отсутствии на работе данного работника от 01.01.2014 и как документы, фиксировавшие его дальнейшее отсутствие. Если он был уволен за прогул, то предоставьте Приказ об увольнении.

вся з/п на данный момент ему выплачена, без компенсации естественно.&

Статья 236 Трудового кодекса гласит, что нарушение установленных сроков в части выплат служащим, причем вне всякой зависимости, касается ли это заработной платы или того, когда выплачиваются отпускные, должно быть компенсирована за каждый день задержки. Размер компенсации составляет 1/300 от общей суммы по ставке рефинансирования Центрального банка Российской Федерации. При этом не имеет значения даже была ли задержка виной работодателя, или же все произошло по независящим от него причинам.

Помимо этого, задержка выплаты отпускных может дать работнику повод обратиться в трудовую инспекцию или даже в прокуратуру с заявлением о нарушении трудового законодательства, что уже влечет за собой административную ответственность и соответствующие штрафы.

Поэтому сроки выплат лучше всегда соблюдать

Акты составляйте за прогулы и увольняйте приказом по статье.