Развелась с мужем, который потом отсидел в тюрьме, у меня двое детей, живем в двухкомнатной квартире.

Уважаемая Маша!В период брака Вы с мужем наверное проживали в одной комнате,а дети-в другой.Жить после развода в одной комнате невозможно,поэтому непроживание бывшего мужа в квартире вызвано уважительными причинами,что в принципе не требует доказательств, поэтому признать его утратившим право на жилую площадь практически невозможно(ст.60, 61 ЖК РФ практически не применяются,т.к не соответствуют Конституции РФ по решению Конституционного Суда РФ,на основании которого Ваш бывший муж восстановил свою регистрацию в квартире после отбытия наказания).Если Вы оплачиваете квартиру полностью,в том числе и долю бывшего мужа,то прдъявив квитанции можете взыскивать его долю оплаты через суд,учитывая,что срок исковой давности по этим требованиям-3 года с момента производства оплаты.Если квартира,где Вы проживаете-муниципальная,то при условии,что по месту фактического проживания б.муж обеспечен жильём(купил квартиру или проживает на площади новой супруги,брак с которой зарегистрирован,либо уехал к родителям,где когда-то и на него предоставлялась площадь),то наймодатель(но не Вы как наниматель)в лице территориальных муниципальных органов могут через суд в соответствии со ст.89 ЖК РФ ставить вопрос о расторжении с ним договора социального найма и выселении.Однако как правило такие лица браки не регистрируют,живут у разных знакомых,поэтому случаи расторжения договора ккрайне редки.Ваша ситуация разрешается либо путём обмена(если квартира муниципальная)с предоставлением ответчику по обмену любой муниципальной комнаты(при несогласии обмен принудительный через суд по подобранному Вами варианту-ст.68 ЖК РФ),однако с учётом Вашего жилья для обмена наверняка потребуется доплата.Вы не указали метраж и срок постоянного проживания в Москве,поэтому можно только предположить, что Вы имеете право постановки на учёт по улучшению жилищных условий,а значит и на предоставление ссуды на улучшение жилищных условий в соответствии с действующими в Москве правилами.