Необходимо определить, как платить заработную плату новым сотрудникам во время обучения

Пенсионный фонд прав. Из Ваших объяснений видно, что Вы приняли работника на работу, а потом отправили его на обучение. См. ст.198 ТК РФ. В этом случае Вы должны были заключить с работником ученический договор, обязательным условием которого является установление размера оплаты в период ученичества (ст. 199 ТК). Кроме того, согласно ст.204 ТК ученику в период ученичества оплачивается стипендия, размер которой определяется ученическим договором и зависит от получаемой квалификации, но ниже установленного МРОТ.

Если бы Вы заключили ученический договор с лицом , ищущим работу (т.е. Вы его обучаете, а потом принимаете на работу), то в этом случае платили бы только стипендию. Но в Вашем случае Вы отправили на учебу уже своего работника, а это регулируется не только главой 32 ТК, но и ст. 187 ТК - за работником сохраняется не только основное место работы, но и средняя заработная плата. Т.о. Вы обязаны были начислять и выплачивать работнику среднюю зп за весь период его обучения