Как действовать, если заказчик не отдает подписанный договор и угрожает судом?

Разумный срок - 3 года (ст. 196 ГК РФ). Оспаривать надо на том основании что Вам не сообщали о том, что Вы что то сделали не так. И Вам не предлагали что-либо изменить добровольно. Договор могут подписать и вернуть. А вот суд не выиграют если грамотно построить позицию.

Статья 737. Последствия обнаружения недостатков в выполненной работе

во время приемки результата работы или после его приемки в течение гарантийного срока, а если он не установлен, - разумного срока, но не позднее двух лет (для недвижимого имущества - пяти лет) со дня приемки результата работы, заказчик вправе по своему выбору осуществить одно из предусмотренных в статье 723 настоящего Кодекса прав либо потребовать безвозмездного повторного выполнения работы или возмещения понесенных им расходов на исправление недостатков своими средствами или третьими лицами.

2. В случае обнаружения существенных недостатков результата работы заказчик вправе предъявить подрядчику требование о безвозмездном устранении таких недостатков, если докажет, что они возникли до принятия результата работы заказчиком или по причинам, возникшим до этого момента. Это требование может быть предъявлено заказчиком, если указанные недостатки обнаружены по истечении двух лет (для недвижимого имущества - пяти лет) со дня принятия результата работы заказчиком, но в пределах установленного для результата работы срока службы или в течение десяти лет со дня принятия результата работы заказчиком, если срок службы не установлен.

3. При невыполнении подрядчиком требования, указанного в пункте 2 настоящей статьи, заказчик вправе в течение того же срока потребовать либо возврата части цены, уплаченной за работу, либо возмещения расходов, понесенных в связи с устранением недостатков заказчиком своими силами или с помощью третьих лиц либо отказаться от исполнения договора и потребовать возмещения причиненных убытков.

Ждите суда и там возражайте против требований истца.

С Вашей стороны есть добросовестность, а со стороны истца злоупотребление правами.

Ст. 314 ГК РФ указывает: "В случаях, когда обязательство не предусматривает срок его исполнения и не содержит условий, позволяющих определить этот срок, оно должно быть исполнено в разумный срок после возникновения обязательства. Обязательство, не исполненное в разумный срок, а равно обязательство, срок исполнения которого определен моментом востребования, должник обязан исполнить в семидневный срок со дня предъявления кредитором требования о его исполнении, если обязанность исполнения в другой срок не вытекает из закона, иных правовых актов, условий обязательства, обычаев делового оборота или существа обязательства".

Затягивание претензии со стороны истца говорит о необходимости применения ст. 10 ГК РФ (суд, арбитражный суд или третейский суд с учетом характера и последствий допущенного злоупотребления отказывает лицу в защите принадлежащего ему права полностью или частично, а также применяет иные меры, предусмотренные законом. Если злоупотребление правом повлекло нарушение права другого лица, такое лицо вправе требовать возмещения причиненных этим убытков).

Здравствуйте!

Если у Вас на руках осталось подтверждение направления Заказчику актов приемки работ, то Вам нечего переживать. Т.к. после направления Вами актов прошло почти 2 года, и в течении них не было получено ни одной претензии по качеству выполненных работ от Заказчика.

А если у Вас не осталось на руках ничего, то тогда Вы должны будете доказывать в суде, что к Вам никакие претензии в течении 2 х лет не предъявлялись. Кроме того, даже если Заказчик не подпишет сейчас договор, он не сможет обосновать, почему он так долго не предъявлял претензии относительно качества выполненных работ