Как защитить свои права при несвоевременной выплате зарплаты и неправомерном увольнении

Вот такой спор у меня возник, работаю в организации менеджером устроена по тк рф,у которой головной офис в Новосибирске, а обособленное структурное подразделение в Ярославле! Зарплату выплачивают с задержками почти в 2 месяца, на 16.04 не получала еще даже аванса за март, и так все предыдущие месяца работы (их 5 месяцев), решила уволиться, с руководителем обсудили и я написала заявление по собственному желанию! При этом спросила у него нужно ли писать заявление на отпуск за свой счет, т.к не могу отрабатывать в связи с семейными обстоятельствами! На что получила ответ что нет не нужно, и все распрощались на этом! Спустя неделю мне звонит начальник отдела кадров и говорит что уволит меня по статье за прогулы, на это я объяснила ситуацию и он ответил что писать это заявление уже поздно! Я связываюсь с руководителем подразделения и на вопрос почему он не довел до кадров что с его разрешения я не отрабатываю, он ответил что не знал что так нужно было сделать! Соответственно до меня это не кому было довести, но есть свидетели это старший менеджер и кладовщик! При этом руководитель подсунул на подпись старшему менеджеру (в договоре указанно что я подчиняюсь ему то есть ст.менеджеру) письмо в котором излагается что я не выхожу на работу и меня не могут найти телефоны не работают! Меня в филиале конечно никто не искал так как руководитель сам при всех разрешил не отрабатывать и не писать заявление! На что ст.менеджер в подписи отказала так как полностью может подтвердить его слова про не писание заявления! Как в такой ситуации поступить грамотно?