Таким образом получается, что руководителя можно уволить в любое время не объясняя причин увольнения?

Да, в порядке реализации иных федеральных законов. Например, закон "Об акционерных обществах" закрепил за общим собранием (советом директоров) безусловное право досрочного прекращения полномочий директора. Одновременно оговорив, что в отношении единоличного исполнительного органа (директора) законодательство о труде действует в части, не противоречащей этому закону. Федеральный закон от 26 декабря 1995 г. N 208-ФЗ

"Об акционерных обществах"

(с изменениями от 13 июня 1996 г., 24 мая 1999 г., 7 августа 2001 г., 21 марта 2002 г.)

"Статья 69. Исполнительный орган общества. Единоличный исполнительный орган общества (директор, генеральный директор)

3. Образование исполнительных органов общества и досрочное прекращение их полномочий осуществляются по решению общего собрания акционеров, если уставом общества решение этих вопросов не отнесено к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества.

Права и обязанности единоличного исполнительного органа общества (директора, генерального директора), членов коллегиального исполнительного органа общества (правления, дирекции), управляющей организации или управляющего по осуществлению руководства текущей деятельностью общества определяются настоящим Федеральным законом, иными правовыми актами Российской Федерации и договором, заключаемым каждым из них с обществом. Договор от имени общества подписывается председателем совета директоров (наблюдательного совета) общества или лицом, уполномоченным советом директоров (наблюдательным советом) общества.

На отношения между обществом и единоличным исполнительным органом общества (директором, генеральным директором) и (или) членами коллегиального исполнительного органа общества (правления, дирекции) действие законодательства Российской Федерации о труде распространяется в части, не противоречащей положениям настоящего Федерального закона.

Совмещение лицом, осуществляющим функции единоличного исполнительного органа общества (директором, генеральным директором), и членами коллегиального исполнительного органа общества (правления, дирекции) должностей в органах управления других организаций допускается только с согласия совета директоров (наблюдательного совета) общества.

4. Общее собрание акционеров, если образование исполнительных органов не отнесено уставом общества к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества, вправе в любое время принять решение о досрочном прекращении полномочий единоличного исполнительного органа общества (директора, генерального директора), членов коллегиального исполнительного органа общества (правления, дирекции). Общее собрание акционеров вправе в любое время принять решение о досрочном прекращении полномочий управляющей организации или управляющего.

В случае, если образование исполнительных органов отнесено уставом общества к компетенции совета директоров (наблюдательного совета) общества, он вправе в любое время принять решение о досрочном прекращении полномочий единоличного исполнительного органа общества (директора, генерального директора), членов коллегиального исполнительного органа общества (правления, дирекции) и об образовании новых исполнительных органов".