Подан иск о признание за нами здания хлораторной станции в новом виде - как противостоять администрации в части зон?

И безопасность и иные нормы и правила имеют первостепенное значение при принятии решения судом. Если не соответствуете нормам безопасности, могут признать самовольной постройкой (ст. 222 ГК РФ) и снести в судебном порядке. Давать какие-либо рекомендации по ведению дела не видя текста документов невозможно

Это существенное наршуние, которое влечет за собой отказ в иске (см. ст. 222 ГК РФ). Вы нарушаете ПЗЗ города.

Право собственности на самовольную постройку может быть признано судом, а в предусмотренных законом случаях в ином установленном законом порядке, за лицом, в собственности, пожизненном наследуемом владении, постоянном (бессрочном) пользовании которого находится земельный участок, где осуществлена постройка.

Можно в суде обязать ответчика-муниципалитет изменить границы территориальных зон в целях защиты прав собственника недвижимого имущества - заявляйте дополнение исковых требований (ст. 49 АПК РФ: "Истец вправе при рассмотрении дела в арбитражном суде первой инстанции до принятия судебного акта, которым заканчивается рассмотрение дела по существу, изменить основание или предмет иска, увеличить или уменьшить размер исковых требований"), хотя срок судебного разбирательства начнётся заново согласно АПК РФ.

Напишите заявление в администрацию о перемене разрешенного использования земельного участка, процедура описана в Земельном кодексе РФ.