Претензии по возврату части товара в некондиционном состоянии - как решить ситуацию?

Все зависит от Вашего договора с Покупателем, а именно:

предусмотрен ли вариант возврата товара надлежащего качества?

предусмотрен ли порядок такого возврата?

какими документами Вы это оформляете?

какой порядок перехода риска повреждения и гибели товара в этом случае предусмотрен договором?

Если все это договором не предусмотрено, то Вы вправе и вовсе не принимать товар, поскольку он был поставлен Вами с соблюдением требований к количеству и качеству и принят Покупателем без претензий, о чем свидетельствует (я надеюсь) подпись представителя и печать организации в товарной накладной.

А значит повреждение товара произошло уже по вине Покупателя и их возврат необоснован.

ГК РФ

Статья 513. Принятие товаров покупателем

1. Покупатель (получатель) обязан совершить все необходимые действия, обеспечивающие принятие товаров, поставленных в соответствии с договором поставки.

2. Принятые покупателем (получателем) товары должны быть им осмотрены в срок, определенный законом, иными правовыми актами, договором поставки или обычаями делового оборота.

Покупатель (получатель) обязан в этот же срок проверить количество и качество принятых товаров в порядке, установленном законом, иными правовыми актами, договором или обычаями делового оборота, и о выявленных несоответствиях или недостатках товаров незамедлительно письменно уведомить поставщика.

Статья 459. Переход риска случайной гибели товара

1. Если иное не предусмотрено договором купли-продажи, риск случайной гибели или случайного повреждения товара переходит на покупателя с момента, когда в соответствии с законом или договором продавец считается исполнившим свою обязанность по передаче товара покупателю.

2. Риск случайной гибели или случайного повреждения товара, проданного во время его нахождения в пути, переходит на покупателя с момента заключения договора купли-продажи, если иное не предусмотрено таким договором или обычаями делового оборота.