Организация поэтапной оплаты - возможно ли указывать разные сроки зарплаты для различных отделов?

нет , з/п должна выплачиваться все в один день согласно тК РФ

Статья 136. Порядок, место и сроки выплаты заработной платы

[Трудовой кодекс РФ] [Глава 21] [Статья 136]

При выплате заработной платы работодатель обязан извещать в письменной форме каждого работника:

1) о составных частях заработной платы, причитающейся ему за соответствующий период;

2) о размерах иных сумм, начисленных работнику, в том числе денежной компенсации за нарушение работодателем установленного срока соответственно выплаты заработной платы, оплаты отпуска, выплат при увольнении и (или) других выплат, причитающихся работнику;

3) о размерах и об основаниях произведенных удержаний;

4) об общей денежной сумме, подлежащей выплате.

Форма расчетного листка утверждается работодателем с учетом мнения представительного органа работников в порядке, установленном статьей 372 настоящего Кодекса для принятия локальных нормативных актов.

Заработная плата выплачивается работнику, как правило, в месте выполнения им работы либо перечисляется на указанный работником счет в банке на условиях, определенных коллективным договором или трудовым договором.

Место и сроки выплаты заработной платы в неденежной форме определяются коллективным договором или трудовым договором.

Заработная плата выплачивается непосредственно работнику, за исключением случаев, когда иной способ выплаты предусматривается федеральным законом или трудовым договором.

Заработная плата выплачивается не реже чем каждые полмесяца в день, установленный правилами внутреннего трудового распорядка, коллективным договором, трудовым договором.

Для отдельных категорий работников федеральным законом могут быть установлены иные сроки выплаты заработной платы.

При совпадении дня выплаты с выходным или нерабочим праздничным днем выплата заработной платы производится накануне этого дня.

Оплата отпуска производится не позднее чем за три дня до его начала.

Дело в том, что оплачивать Вы можете как хотите (вернее как укажите в локальных нормативных актах), но это должно быть произведено 2 раза в мес. и при этом задерживать заработную плату более чем на 15 дней права у Вас нет. Это означает, что заработную плату за июль Вы обязаны выплатить до 15 августа полностью. Иначе - ответственность по ст. 5.27 КоАП РФ