Имеет ли налоговая право в данном случае обязать восстановить документацию, ведь ИП уже по сути нет, а есть физическое лицо?

Дело в том, что с 2007 г. возможность проведения выездной проверки физического лица, не являющегося индивидуальным предпринимателем, прямо установлена налоговым законодательством (п.2 ст.89 НК РФ). Может быть проверен период, не превышающий 3 календарных лет, предшествующих году, в котором вынесено решение о проведении проверки.

При такой проверке существуют определенные ограничения для налогового органа. Например, налоговики не могут без согласия физ. лица находиться в жилом помещении и изымать вещи и документы (ст 25 Конституции, п. 5 ст. 91 НК РФ).

Что касается восстановления документов, то физические лица обязаны в течение 4 лет хранить документы, необходимые для исчисления и уплаты налогов, в том числе документы, подтверждающие получение доходов и расходов (пп. 8 п. 1 ст. 23 НК РФ). Если документы были украдены и этот факт подтверждается компетентным органом, то налоговики не смогут привлечь вас к ответственности за непредставление документов. Но налоговики вправе самостоятельно рассчитать суммы налогов, подлежащие взысканию (п.7 ст.31 НК РФ). Если документы восстановить невозможно, то вам следует приготовиться к суду с налоговиками и оспорить предъявленную сумму. При определении суммы налогов расчетным путем, налоговики обязаны основываться на имеющейся у них информации о доходах и расходах налогоплательщика, а также иных аналогичных налогоплательщиков.

Если решение налогового органа будет без учета данных о расходах и иных экономических показателях вашей деятельности, а также данных об иных аналогичных налогоплательщиках в такой же ситуации, то такое решение неправомерно. Данный вывод подтверждается судебной практикой.

С уважением,