Можно ли считать что простой возник по вине работника-водителя, если он в рабочее время попал в ДТП на рабочем автомобиле.

Под простоем по вине работника следует понимать только противоправное, виновное, имеющее состав дисциплинарного проступка, поведение работника. Таким образом, в Вашем случае, простой по вине работника возможен только, если доказано, что именно работник является виновником ДТП в результате не соблюдения им ПДД.