До 2000 года действовал договор аренды, который ежегодно автоматически продлевался, арендная плата нами выплачивалась.

Согласно ст. 624 ГК РФ в законе или договоре аренды может быть предусмотрено, что арендованное имущество переходит в собственность арендатора по истечении срока аренды или до его истечения при условии внесения арендатором всей обусловленной договором выкупной цены.

Таким образом, условие о выкупной цене является существенным условием договора аренды с правом выкупа.

В целом, поскольку арендовалось недвижимое имущество (здание), договор аренды должен предусматривать размер арендной платы. При отсутствии согласованного сторонами в письменной форме условия о размере арендной платы договор аренды здания или сооружения считается незаключенным (ст. 654 ГК).

По условиям вопроса, протокол согласования (определения) цены так и не был составлен. В силу этого непонятно, каким образом и на основании каких документов определялась выкупная цена.

Поскольку договор аренды с правом выкупа в данном случае считается незаключенным, Вам желательно рассмотреть ранее действовавший договор аренды здания с точки зрения продления срока его действия по правилам п. 2 ст. 621 ГК.

В противном случае у вашей организации нет законных прав на пользование зданием.

Поскольку договор аренды с правом выкупа считается незаключенным, отношения между сторонами по поводу возврата денежных средств должны регулироваться в соответствии с положениями главы 60 части второй ГК (обязательства вследствие неосновательного обогащения).