Можем ли мы в ООО установить оплату проезда в отпуск и обратно в размере 5 000 руб. (организация находится на Сахалине)

Если это не меньше, чем в государственных - да.

Постановление Конституционного Суда РФ от 9 февраля 2012 г. N 2-П

"По делу о проверке конституционности положения части восьмой статьи 325 Трудового кодекса Российской Федерации в связи с жалобой гражданки И.Г. Труновой"

"В правоприменительной практике часть восьмая статьи 325 Трудового кодекса Российской Федерации рассматривается как допускающая установление размера, условий и порядка соответствующей компенсации для лиц, работающих у работодателя, не относящегося к бюджетной сфере, отличное от предусматриваемых для работников организаций, финансируемых из бюджета, что может приводить к различиям в объеме дополнительных гарантий, предоставление которых обусловлено необходимостью обеспечения реализации прав на отдых и на охрану здоровья при работе в неблагоприятных природно-климатических условиях.

Между тем такие различия должны быть оправданными, обоснованными и соразмерными конституционно значимым целям. Это означает, что при определении размера, условий и порядка предоставления компенсации расходов на оплату стоимости проезда и провоза багажа к месту использования отпуска и обратно необходимо обеспечивать их соответствие предназначению данной компенсации как гарантирующей работнику возможность выехать за пределы районов Крайнего Севера и приравненных к ним местностей для отдыха и оздоровления. В противном случае не достигалась бы цель ее введения в качестве дополнительной гарантии, направленной на реализацию конституционных прав на отдых и на охрану здоровья".