Проблемы с работодателем - задержка зарплаты и спорный пункт в трудовом договоре

Сложилась такая ситуация у моего друга с работодателем. Работает в областном филиале, приём на работу и увольнение только через голову в Петербурге. В сентябре компания начала полную инвентаризацию по всем филиалам и заявила, что до её окончания полных зарплат ждать не стоит, типа пока не выясним сколько-чего не хватает и потом недостачу удержим. Дают периодически по 1-2 тыс., один раз 3 тыс. дали, в общем, чтоб с голоду ноги не протянули. На днях заявили, что инвентаризация закончится не раньше января, долг по зарплате достиг 40 тыс. Узнав о сроках, друг написал заявление на увольнение, заявление директор филиала не подписал, а отправил в Петербург на рассмотрение. Сколько оно будет ехать и рассматриваться никто не знает. Надо сказать, что из 7 работников филиала друг уже то ли третий, то ли четвёртый, кто написал заявление, все ждут решения. Но вопрос вот в чём: пересмотрев трудовой договор, выяснилось, что существует пункт, что если человек увольняется при инвентаризации, то чуть ли не всю недостачу вешают на него и никаких выплат при увольнении он не получит. Законен ли такой пункт в договоре? Что можно сделать с работодателем при 2-х месячной задержке зарплаты? Спасибо.