Не выплачены деньги за работу и неправильно указаны доходы в справке - что делать?

Да, конечно, Вы можете требовать выплаты Вам заработной платы согласно данным справки НДФЛ, причем насколько я понимаю, налоги уплачивались исходя именно из завышенных сумм. Кроме того, компенсация за неиспользованные дни отпуска (если таковые были) должна быть оплачена также в повышенном размере, это не считая процентов по ст. 236 ТК РФ -

При нарушении работодателем установленного срока выплаты заработной платы, оплаты отпуска, выплат при увольнении и других выплат, причитающихся работнику, работодатель обязан выплатить их с уплатой процентов (денежной компенсации) в размере не ниже одной трехсотой действующей в это время ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации от невыплаченных в срок сумм за каждый день задержки начиная со следующего дня после установленного срока выплаты по день фактического расчета включительно. Размер выплачиваемой работнику денежной компенсации может быть повышен коллективным договором или трудовым договором. Обязанность выплаты указанной денежной компенсации возникает независимо от наличия вины работодателя.

Суд, принимая решение будет принимать во внимание все документы касющиеся зработной платы, т.е. не только справку НДФЛ, но и трудовой договор, штатное расписание, положение об оплате труда, расчетные листки и пр.

Расчет Вам обязаны были выплатить в день увольнениея, ст. 140 ТК РФ -

При прекращении трудового договора выплата всех сумм, причитающихся работнику от работодателя, производится в день увольнения работника. Если работник в день увольнения не работал, то соответствующие суммы должны быть выплачены не позднее следующего дня после предъявления уволенным работником требования о расчете.

В случае спора о размерах сумм, причитающихся работнику при увольнении, работодатель обязан в указанный в настоящей статье срок выплатить не оспариваемую им сумму.

Рекомендую не затягивать с подачей в суд, т.к. срок исковой давности по делам об увольнении 1 месяц.