Самовольная постройка - проблемы с регистрацией и собственностью на земельный участок

В 2000 году сроком на 1 год было выдано разрешение на строительство 1-этажного здания. В процессе строительства решили изменить назначение и этажность здания. Внесли изменения в проект, получили множество заключений по новому проекту (в т.ч. и вневедомственную экспертизу). 1 этаж в эксплуатацию введен не был, как незавершенка зарегистрирован не был. Во всех документах (проекте, заключениях) указана реконструкция 1 этажного здания с надстройкой 2 этажа. С 2002 года запрашивали в администрации города разрешение на строительство. В 2006 году администрация выдает Постановление разрешающее использование земельного участка под возведенное строение. В 2007 году вводит объект в эксплуатацию. ФРС отказывает в регистрации т.к. выданное в 2006 г. постановление не является документом разрешающим строительство, т.е. признаки самовольной постройки. Департамент архитектуры и градостроительства выдает предписание администрации с требованием отменить выданное разрешение на ввод объекта в эксплуатацию. Администрация подчиняется. С этого момента мы начинаем собирать документы в соответствии с градостроительным кодексом для получения разрешения на строительство (хотя здание существует с 2002 года). Собрав пакет документов подаем заявление в администрацию с просьбой выдать разрешение на строительство. Администрация выдает разрешение на РЕКОНСТРУКЦИЮ, объясняя тем, что наш проект на реконструкцию. В ФРС при сдаче документов возникнет вопрос, кто являлся собственником реконструиромого здания. Земельный участок оформлен в аренду на неопределенный срок. Обращались в суд: в признании права собственности отказано, т.к. земля в аренде; в принуждении ФРС к регистрации сами отказались от требований, т.к. администрация отменила разрешение на ввод в эксплуатацию. Что делать? Помогите! Заранее спасибо.