Вопросы о разрешении на ввод в эксплуатацию реконструированного здания и признании права собственности - иско в качестве альтернативы

У предприятия имеется участок земли в постоянном пользовании и здание на этом участке в собственности. Было получено разрешение на проведение строительных работ по реконструкции части здания. В дальнейшем проект был изменен и была произведена реконструкция всего здания. На сегодняшний день реконструкция закончена и здание эксплуатируется. В оформлении разрешения на строительство всего здания нам отказали, поскольку реконструкция окончена и здание эксплуатируется. В выдаче разрешения на ввод в эксплуатацию также отказали, поскольку нет разрешения на проведение реконструкции. Все документы необходимые для ввода в эксплуатацию собраны, реконструкция соответствует разрешенному использованию земельного участка. Отсутствует только разрешение на выполнение строительных работ (на все здание), а также ЗОС (вместо ЗОС есть заключение независимой экспертизы). Комиссия по пресечению самовольного строительства заявления по узакониванию самостроя у нас не рассматривает. Можем ли подать исковое с требованием выдать разрешение на ввод в эксплуатацию реконструированного объекта? (исходя из ст. 55 Градостроительного кодекса орган исполнительной власти отказал нам в выдаче такого разрешения совершенно правомерно). Либо лучше подать исковое заявление о признании права собственности на реконструкцию? (Но тут тоже вопрос. Признает ли ее суд самостроем, так как на часть реконструкции здания разрешение было, но проект был изменен). Спасибо.