Продажа наследственных акций - выясняем права налоговой инспекции и возможность возврата уплаченного налога

В марте 2004 года у меня умер отец, маме в наследство перешли папины акции, которые она продала в ноябре 2004 года после вступления в наследство. С папой они состояли в браке. Акции папе принадлежали с 1995 года. В инвестиционной компании, где мама продала акции ее заверили, что никакой налог ей платить не придется, т.к. акции принадлежали семье более 3-х лет. Однако в конце 2006 года из налоговой инспекции маме пришло налоговое извещение о том, что она должна заплатить налог с продажи акций со всей суммы продажи. После многочисленных походов в налоговую инспекцию она заполнила декларацию и заплатила в июле 2007 года половину налога, что составило около 24 тысяч рублей, хотя первоначально налоговый инспектор настаивал на уплате налога со всей суммы, но уже после уплаты половины налога инспектор нашел якобы какой-то документ и попросил заполнить уточняющую декларацию на уплату только половины налога от продажи акций (что как раз и составило 24 тысячи рублей). Права ли налоговая инспекция? Разве маме нельзя было предоставить налоговую льготу, ведь акции были проданы до 2007 года и принадлежали папе более 3-х лет? Объясните, можно ли вернуть уплаченный налог и как это сделать. Какие должны быть наши действия? Что мы должны делать, ведь с момента продажи акций прошло уже более 3-х лет, пожалуйста, помогите разобраться.