Руководитель отказывается выплатить компенсацию за неиспользованные отпуска в связи с судебными спорами - что делать?

Вашнй вины в неисполнении решении судов нету. Действия работодателя абсолютно незаконны. С вас могли-бы удержать сумму материального ущерба при наличии доказанной вины ст. 233 ТК РФ -

Материальная ответственность стороны трудового договора наступает за ущерб, причиненный ею другой стороне этого договора в результате ее виновного противоправного поведения (действий или бездействия), если иное не предусмотрено настоящим Кодексом или иными федеральными законами.

Каждая из сторон трудового договора обязана доказать размер причиненного ей ущерба.

вы, как руководитель, можете нести повышенную ответственность ст. 277 ТК РФ -

Руководитель организации несет полную материальную ответственность за прямой действительный ущерб, причиненный организации.

В случаях, предусмотренных федеральными законами, руководитель организации возмещает организации убытки, причиненные его виновными действиями. При этом расчет убытков осуществляется в соответствии с нормами, предусмотренными гражданским законодательством.

но для Вас даже данная статья не подходит, т.к. директор структурного подразделения не является руководителем организации, ст. 273 ТК РФ -

Руководитель организации - физическое лицо, которое в соответствии с настоящим Кодексом, другими федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации, законами и иными нормативными правовыми актами субъектов Российской Федерации, нормативными правовыми актами органов местного самоуправления, учредительными документами юридического лица (организации) и локальными нормативными актами осуществляет руководство этой организацией, в том числе выполняет функции ее единоличного исполнительного органа.

Положения настоящей главы распространяются на руководителей организаций независимо от их организационно-правовых форм и форм собственности, за исключением тех случаев, когда:

руководитель организации является единственным участником (учредителем), членом организации, собственником ее имущества;

управление организацией осуществляется по договору с другой организацией (управляющей организацией) или индивидуальным предпринимателем (управляющим).

Даже если работодатель сможет доказать Вашу вину в возникновении материального ущерба, все равно расчет с учетом компенсации за пользование чужими денежными средствами он обязан выплатить полностью, а сумму ущерба, который Вы ему якобы причинили, взыскивать с вас через суд.

Если Вас уволят без всех положенных компенсаций, то смело обращайтесь в суд, который все взыщет с работодателя.