Недостача на складе - моя ответственность или системная ошибка?

Я менеджер-закупщик. Выполняла обязанности кладовщика во время его отпуска, приняв у него склад (считал он сам, я присутствовала). В момент, когда кладовщик был в отпуске, его уволили. Провела на складе 2 месяца. Во время работы в базе 1 С бухгалтерией и отделом снабжения ввелись новые правила, повлиявшие на некорректность по остаткам (непроведенные накладные, товар числится на складе, хотя уехал в медцентр, который мы снабжаем). Сдавала склад новому неопытному кладовщику, который помогал все пересчитывать. Бухгалтером выявлена недостача в 56210 руб. Мне на выбор предложили либо работать с вычетом из зарплаты, либо уходить, единовременно погасив долг. Я в состоянии эмоционального расстройства подписала согласие. Можно ли в моей ситуации решить дело в мою пользу.