Судьба договора с работником - будет ли он расторгнут по истечению срока после выхода в декретный отпуск?

Здравствуйте. Нет, не будет согласно ст 261 ТК РФ:

Статья 261. Гарантии беременной женщине и лицам с семейными обязанностями при расторжении трудового договора

(в ред. Федерального закона от 12.11.2012 N 188-ФЗ)

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

Расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременной женщиной не допускается, за исключением случаев ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем.

(в ред. Федерального закона от 12.11.2012 N 188-ФЗ)

В случае истечения срочного трудового договора в период беременности женщины работодатель обязан по ее письменному заявлению и при предоставлении медицинской справки, подтверждающей состояние беременности, продлить срок действия трудового договора до окончания беременности. Женщина, срок действия трудового договора с которой был продлен до окончания беременности, обязана по запросу работодателя, но не чаще чем один раз в три месяца, предоставлять медицинскую справку, подтверждающую состояние беременности. Если при этом женщина фактически продолжает работать после окончания беременности, то работодатель имеет право расторгнуть трудовой договор с ней в связи с истечением срока его действия в течение недели со дня, когда работодатель узнал или должен был узнать о факте окончания беременности.