Что грозит контрактнику если он 2 дня без уважительной причины отсутствовал на работе.

Работодатель может привлечь к дисциплинарной ответственности, вплоть до увольнения (расторжения контракта). Полагаю, что дни прогула не будут оплачены как по окладу, так и по другим доплатам и материальным поощрениям к денежному содержанию.

Если командование Вас не относит к категории "залетчиков", возможно удастся обойтись без увольнения.