Отказ в регистрации и потеря гражданства - ситуация с бывшей жительницей Украины в РФ

Прошу Вас, как профессионала, разъяснить ситуацию... в рф проживаю с 1995 г по настоящий момент /до этого времени жила на украине/, по достижение 16 лет получила паспорт старого образца ссср в россии... на момент обучения в вузе обменяла паспорт на новый образец в декабре 2000 года-паспортистка сказала что на карточке выдано основание на смену паспорта статья 13 часть 1 на 2000 г... на настоящ момент зарегистрирована постоянно с 2003 г в пригороде у знакомых и по месту регистрации получила в 2005 г загран паспорт... в апреле этого года я решила перепрописаться в город, а мне отказали в пасп столе и от оуфмс прислали бумагу, что якобы я не являюсь гражданкой рф, тк типа они делали запрос и мое гражданство не подтверждается.. и паспорт в о/м в 2000 г мне выдали нелегально... сказали, что мне надо ехать по месту прописки в оуфмс и написать заявление на принятие гражданства... пожалуйста, разъясните, правомерен ли отказ в регистрации по месту жительства и действительно ли я не имею в итоге 15 летнего проживания граждантство? И что мне делать, чтобы это было правильно... еще хотела обновить паспорт рф тк при пересечении границы с украиной в 1999 г мне поставили штампики в паспорт... большое спасибо.