Я на ЕНВД, выписывал счет-фактуры заплатил НДС и сдал декларации спустя более 180 дней.

Если вы не являетесь налогоплательщиком НДС (применяете ЕНВД), но при этом выставили своему контрагенту счет-фактуру, в котором выделен НДС, то соответствующую сумму налога вы должны уплатить в бюджет. Такое правило установлено п. 5 ст. 173 НК РФ.

При этом налогоплательщики, освобожденные от уплаты НДС или реализующие не облагаемые НДС товары (работы, услуги), обязаны представлять налоговую декларацию в обычном порядке (п. 5 ст. 174 НК РФ).

В то же время положения гл. 21 НК РФ не уточняют, обязаны ли в таком случае подавать декларацию по НДС лица, не являющиеся плательщиками НДС (применяющие специальные налоговые режимы).

Как указал ФАС Западно-Сибирского округа в Постановлении от 26.04.2007 N Ф04-2469/2007(33681-А70-6), Ф04-2469/2007(33930-А70-6), лица, не являющиеся плательщиками НДС, не подпадают под понятие налогоплательщиков (налоговых агентов), перечисленных в п. 5 ст. 174 НК РФ. Следовательно, представлять декларацию они не обязаны.

Стоит отметить, что из содержания абз. 7 п. 3 Порядка заполнения декларации следует, что такая обязанность существует. На это также указывает Минфин России в Письме от 23.10.2007 N 03-07-11/512. Поэтому, чтобы избежать возможных споров с налоговой инспекцией, декларацию по НДС надо представить. Это нужно сделать не позднее 20-го числа месяца, следующего за кварталом, в котором был выставлен счет-фактура.

Однако ответственность, предусмотренная ст. 119 НК РФ, за непредставление декларации в установленный срок не может применяться к спецрежимникам, поскольку они не признаются налогоплательщиками.

Советую обжаловать Решение налогового органа в вышестоящий налоговый орган или в суд.