Необходимость заключения трудового договора с генеральным директором, являющимся держателем 90% акций нашей фирмы, и вопросы срока и времени его заключения

Если в уставе общества нет указания на какой срок осуществляется образование испонительного органа, т.е. не указано на какой срок избирается или назначается генедиректор (в вашем случае), то трудовой договор заключается с ним на неопределенный срок. Если в уставе указан срок избрания (назначения) гендира - 1, 2, 3, ..., 5 лет, то трудвой контракт заключается с ним на указанный срок. Если в уставе этот срок превышает 5 лет, то контракт заключается на неопределенный срок. (см.: ст.ст. 58, 275 ТК РФ, ФЗ об АО).

Правовым основанием для заключения контракта с избранным гендиром является решение соответствующего органа управления общества, в компетенции которого находится образование исполнительного органа, т.е. либо решением собрания акционеров либо решением совета директоров.

Судя по кол-ву акционеров, СД у Вас нет. Значит гендир назначается (избирается) ОСА. Решение ОСА оформляются протоколом ОСА, где указывается, в частности, дата проведения собрания и дата составления протокола. Для вашего общества эти даты вполне могут совпадать. Не ранее этой даты Вы и должны подписать с гендиром контракт.

P.S. даже если в собрании участвовал один акционер (а у вас их всего 2-а) протокольчик надо составить.