Как защититься от претензий ФНС в связи с недостаточной документацией при переназначении должности

Все зависит от того какие именно претензии. По доверенности права и обязанности возникли у того, кто выдал доверенность, ссылайтесь на это (ст. 185, 185.1. ГК РФ)

Вам нужно прибыть в суд.

Вы числитесь директором фирмы в ЕГРЮЛ.

Ст. 25.1 КоАП РФ указывает на Ваши права:

Лицо, в отношении которого ведется производство по делу об административном правонарушении, вправе знакомиться со всеми материалами дела, давать объяснения, представлять доказательства, заявлять ходатайства и отводы, пользоваться юридической помощью защитника, а также иными процессуальными правами в соответствии с настоящим Кодексом.

Согласившись с работой директора,когда есть приказ о вашем назначении,Вы тем самым приняли на себя ответственность за полную и своевременную сдачу всех необходимых документов в налоговую инспекцию.Оформление доверенности от вашего имении на третье лицо стст185 и 185.1 ГК РФ не освобождает вас от ответственности если это третье лицо не предоставило в налоговую документы.

Поэтому поэтому не будет весомым аргументом ссылка на потерявшееся третье лицо,которое по каким то причинам не исполнило обязанности

В суд вам нужно обязательно идти ,но прежде подумайте какие иные аргументы вы можете предъявить в суде (выдача доверенности на третье лицо не является аргументом в вашу пользу.В суде вам просто скажут-разбирайтесь самостоятельно с этим третьим лицом.А ответственность с вас как с директора никто не снимал)