Возможна ли замена залога на депозите на банковскую гарантию во время действия государственного контракта?

Формально - возможно. Отношения сторон регулируются гражданским законодательством с особенностями, предусмотренными законодательством о закупках. В законе запрет на изменение условий контрактов оговорен только в отношении иных условий, следовательно, условие о порядке обеспечения менять, по согласованию сторон, можно. Конечно, если самой конкурсной документацией и контрактом не установлен прямой запрет на замену таких обеспечительных мер.

Федеральный закон от 21 июля 2005 г. N 94-ФЗ

"О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд"

(с изменениями от 31 декабря 2005 г., 27 июля 2006 г., 20 апреля, 24 июля, 8 ноября 2007 г., 23 июля, 1, 30 декабря 2008 г., 28 апреля, 8 мая, 1, 17 июля, 23, 25 ноября 2009 г.)

"Статья 9. Государственный или муниципальный контракт на поставку товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных или муниципальных нужд

1. Под государственным или муниципальным контрактом понимается договор, заключенный заказчиком от имени Российской Федерации, субъекта Российской Федерации или муниципального образования в целях обеспечения государственных или муниципальных нужд.

2. Государственный контракт и муниципальный контракт заключаются в порядке, предусмотренном Гражданским кодексом Российской Федерации и иными федеральными законами с учетом положений настоящего Федерального закона.

5. При заключении и исполнении государственного или муниципального контракта изменение условий контракта, указанных в частях 11 и 12 настоящей статьи, части 12 статьи 25, части 5 статьи 27, части 3 статьи 29, части 1 статьи 31, части 7 статьи 31.4, части 3 статьи 31.5, части 12 статьи 35, части 6 статьи 36, части 13 статьи 37, части 3 статьи 38, части 1 статьи 40, части 14 статьи 41, части 22 статьи 41.8, части 11 статьи 41.9, части 15 статьи 41.11, частях 10 и 14 статьи 41.12, части 6 статьи 42, частях 6 и 8 статьи 46, части 8 статьи 47, части 10 статьи 53 и частях 5 и 6 статьи 54 настоящего Федерального закона, по соглашению сторон и в одностороннем порядке не допускается, за исключением случаев, предусмотренных частями 6 - 6.6 и 8.1 настоящей статьи.

Статья 22. Содержание конкурсной документации

15.2) размер обеспечения исполнения государственного или муниципального контракта, срок и порядок его предоставления в случае, если заказчиком, уполномоченным органом установлено требование обеспечения исполнения контракта. Размер обеспечения исполнения контракта не может превышать тридцать процентов начальной (максимальной) цены контракта (цены лота), указанной в извещении о проведении открытого конкурса. В случае, если начальная (максимальная) цена контракта (цена лота) или в предусмотренных пунктом 8.2 настоящей части случаях начальная (максимальная) цена одного контракта превышает пятьдесят миллионов рублей, заказчик, уполномоченный орган обязаны установить требование обеспечения исполнения контракта в размере от десяти до тридцати процентов начальной (максимальной) цены контракта (цены лота), но не менее чем в размере аванса (если контрактом предусмотрена выплата аванса), или в случае, если размер аванса превышает тридцать процентов начальной (максимальной) цены контракта (цены лота), в размере, не превышающем на двадцать процентов размер аванса, но не менее чем размер аванса. В случае установления заказчиком, уполномоченным органом требования обеспечения исполнения контракта при размещении заказа на две и более поисковые научно-исследовательские работы указанное требование устанавливается в отношении каждого контракта на выполнение таких работ и размер обеспечения исполнения контракта устанавливается исходя из начальной (максимальной) цены лота пропорционально количеству этих контрактов с учетом требований настоящего пункта. Заказчик, уполномоченный орган вправе определить обязательства по государственному или муниципальному контракту, которые должны быть обеспечены;"