Администрация города отказывает организации в перерасчете арендной платы - как обжаловать и на основании какого закона?

Правомерен. У Вас договором предусмотрено что пересчет возможен не более чем за три года, поэтому тут без вариантов (ст. 421 ГК РФ). В с такими условиями сами согласились подписав его (ст. 307, 309 ГК РФ)

Правомерен ли отказ администрации? Куда и как его можно обжаловать? И на основании какого закона?

---подавайте письменное заявление и просите дать на него письменный ответ, а при получении отказа, обжалуйте его в суде. В течении 3 месяцев. На основании

статьи 218 КАС. Предъявление административного искового заявления об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями, должностного лица, государственного или муниципального служащего и рассмотрение административного дела по предъявленному административному исковому заявлению

"Правомерен ли отказ администрации?"

Да, отказ правомерен. Постановление Правительства ХМАО-Югры от 02.12.2011г. №457-п предусматривает ЗАЯВИТЕЛЬНЫЙ порядок.

" Куда и как его можно обжаловать? "

В суд можете обжаловать на основании ст. 218 КАС РФ.

Гражданин, организация, иные лица могут обратиться в суд с требованиями об оспаривании решений, действий (бездействия) органа государственной власти, органа местного самоуправления, иного органа, организации, наделенных отдельными государственными или иными публичными полномочиями (включая решения, действия (бездействие) квалификационной коллегии судей, экзаменационной комиссии), должностного лица, государственного или муниципального служащего (далее - орган, организация, лицо, наделенные государственными или иными публичными полномочиями), если полагают, что нарушены или оспорены их права, свободы и законные интересы, созданы препятствия к осуществлению их прав, свобод и реализации законных интересов или на них незаконно возложены какие-либо обязанности. Гражданин, организация, иные лица могут обратиться непосредственно в суд или оспорить решения, действия (бездействие) органа, организации, лица, наделенных государственными или иными публичными полномочиями, в вышестоящие в порядке подчиненности орган, организацию, у вышестоящего в порядке подчиненности лица либо использовать иные внесудебные процедуры урегулирования споров.

Госпошлина 3 тыс. руб..

Право признать отказ администрации недействительным возможно, подав заявление в порядке главы 22 КАС РФ.

Административное исковое заявление может быть подано в суд в течение трех месяцев со дня, когда гражданину, организации, иному лицу стало известно о нарушении их прав, свобод и законных интересов.

У Вас подходит к концу срок обращения с таким заявлением.