Например мне положено 126 кв.м. площади, а приобрести такую квартиру нет возможности.

Исходя из текста нормативных актов, регулирующих указанные правоотношения,в которых всегда применяется понятие "жилое помещение", "договор" в единственном числе, то такой вариант у Вас не пройдет.

Единственный выход из положения - обратитесь в комиссию, предусмотренную п. 22 Порядка выпуска и погашения государственных жилищных сертификатов,выдаваемых военнослужащим, увольняемым с военной службы,сотрудникам органов внутренних дел, учреждений и органов уголовно-исполнительной системы Министерства юстиции Российской Федерации, увольняемым со службы,

гражданам, уволенным с военной службы, со службы из органов

внутренних дел, учреждений и органов уголовно-исполнительной системы, а также гражданам,подлежащим переселению из закрытых и обособленных военных городков (утв. постановлением Правительства РФ от 29 марта 1999 г. N 351)(с изменениями от 29 сентября 1999 г.).

Указанная комиссия, если, конечно, докажете невозможность приобретения одного помещения такой площади, может принять решение о выдаче либо двух сертификатов, либо в сертификат вписать возможность приобретения двух помещений. Скорее второе, так как указанные помещения обязательно оформляются в совместную собственность.