Проблема с неправильной транскрипцией фамилии мужа в миграционных документах российских органов. Насколько правомерно требование начальника УФМС?

Помогите, пожалуйста, решить следующую проблему: я являюсь гражданкой РФ, муж-гражданин Молдовы. При пересечении границы РФ в аэропорту Домодедово, в миграционной карте мужа пограничник записал его фамилию, как и в загранпаспорте: на латинском Ganea, а чуть ниже - на русском - Ганеа. Приехав на место жительства, мы перевели свид-во о браке и загранпаспорт мужа. В этих документах фамилия переведена как Ганя (согласно транскрипции, сочетание букв "еа" после согласной переводится как "я").Муж рожден в 1973 году, еще в СССР, поэтому в свид-ве о рождении, в аттестате об окончании школы и в других документах времен СССР, он - Ганя). Далее с переводом мы отправились на почту, согласно переводу заполнили уведомление о прибытии иностр. Гражданина для УФМС, указав фамилию Ганя. В УФМС мы столкнулись с проблемой (когда пришли становиться на учет и писать заявление на получение РВП) - в миграционке указана фамилия Ганеа, а в уведомлении для УФМС, которое отсылали по почте, как и в переводе паспорта, - Ганя. Начальник УФМС отправила мужа заново пересекать границу и проследить, чтоб в миграционке была написана фамилия Ганя. Но ведь пограничник не может писать букву "Я" в миграционке, он обязан писать как в загранпаспорте. Прав ли начальник УФМС? Пересекать границу заново, находясь на территории ЯНАО?