Сложности с налоговыми выплатами после продажи квартиры - кто правильно поступил - мы или налоговая?

Прошу помочь разобраться в сложившейся ситуации. Сын был дольщиком, приобрёл квартиру стоимостью 628 т. р. Дом до строился и был сдан в 2014 г, в этом же году квартира была продана за 1.250 т. р и куплена новая квартира по большей S и стоимостью 1.012 т. р (тоже дольщик). Сдали декларацию и заплатили налог и пенни только в 2016 г. Заплатили налог от 250 т. р=32500; потому что продали и тут же эти деньги вложили в новую квартиру. Сейчас налоговая не согласна с этим, было слушание по камерной проверке и там сотрудники налоговой сказали, либо чтоб мы платили ещё 130 т. р от миллиона, либо ещё предлагает от дохода с продажи квартиры заплатить 48360 с учётом того что ранее было оплачено 32500 (от 1250-628=622 622/13=80860). И сказали такая операция (продали за 1250 т. р, купили новую за 1012 т. р в том же году) взаимозачета не может быть, потому что мы купили не готовую квартиру, а в стоющемся доме... Квартира в новом стоющемся доме еще не готова, дом еще не сдан. Что делать? Дайте совет. Кто прав налоговая или мы? И ещё после продажи квартиры мы не знали что нужно оплачивать налог и сдавать декларацию. Письма с налоговой не приходили не в 2015, не в 2016 г. Узнали о налоге от знакомых. После этого сами подали декларацию и заплатили налог. После этого стали приходить письма, что мол сын должен ещё 130 тысяч... Помогите разобраться.