Как правильно оформить увольнение работника с одной должности и переход на другую

(1,0 ставка основная-сторож и 0,5 по внутреннему совместительству-швея).

Это два разных трудовых договора.

Теперь он хочет уволиться со сторожа, а как совместитель остается работать. Как теперь мне поступить: сторожа я увольняю, а совместителю делаю дополнительное соглашение к трудовому договору и приказ о переводе на постоянное место работы на 0,5 ставки.

Вы не обязаны принимать его как основного работника. Но если решили, то есть два варианта.

Вариант 1 для внешнего совместителя. Увольняете с должности сторожа. В трудовой договор со швей работодатель совместителя (получив трудовую книжку с основного места работы) вносит изменения о том, что работа по должности швеи считается основной (со следующего дня после увольнения с должности сторожа). НИ каких переводов не происходит. У швеи меняются условия трудового договора.

Вариант 2 для внутреннего совместителя. В рамках основного договора Переводите сторожа на должность швеи и устанавливаете при необходимости режим неполного 4-часового рабочего дня при пятидневной 20-часовой рабочей недели (0,5), (или на полный) , а договор по совместительству расторгаете. Все одним днем.