Возможно ли отпустить работника на несколько минут, часов без сохранения заработной платы и как оформить это через бухгалтерию, если в трудовом договоре указана дневная оплата?

Может отпустить, остальное пол договоренности с руководителем (это в его компетенции). При использовании суммированного способа учета времени труда зарплата считается, как правило, с применением часовых тарифных ставок или окладов.