Военнослужащий по контракту оказался под уголовным преследованием из-за не явки с отпуска

Очевидно, уволили Вас задним числом, в то время, когда Вы уклонялись от военной службы, а впоследствии военная прокуратура этот факт выявила. Так делают командиры, когда хотят скрыть факт совершения преступления подчиненным. В таком случае приказ об увольнении будет отменен как незаконный, а у командира возникнут большие проблемы, вплоть до возбуждения уголовного дела за сокрытие преступления.