Обязан ли работодатель удерживать заработную плату на счет украденных денег?

Вам лучше решить с ним этот вопрос полюбовно. Иначе он подаст заявление в полицию и вас привлекут к уголовной ответственности.

взяла без ведома деньги из кассы

Это называется присвоение растрата вверенного имущества. Помимо невыплаты заработнеой платы, должны были возбудить уголовное дело.

Добрый день. Все через суд. По факту хищения необходима проверка, возможно возбуждение уголовного дела по присвоению ну и т.д и т.п.

Вообще-то работодатель может обратиться с заявлением о краже в полицию, и Вы получите судимость за содеянное.

УК РФ Статья 158 Кража. 1. Кража, то есть тайное хищение чужого имущества, - наказывается штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок до трехсот шестидесяти часов, либо исправительными работами на срок до одного года, либо ограничением свободы на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до четырех месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.

Хотите годик-полтора провести в колонии? Ваше право. Поэтому в Ваших интересах ЛЮБЫМ СПОСОБОМ погасить этот конфликт с работодателем, иначе он обратится в полицию, и Вас осудят. Сведения о Вашей судимости будут находиться в Информационном центре МВД до достижения Вами возраста 80 лет, и Вас никогда не примут на работу с материальными ценностями.