Как защитить права работника на государственной службе в случае несоблюдения индивидуального графика работы?

Я работаю на гос. службе (по ФЗ 79). Обучался в ординатуре по целевому направлению от этого гос. органа, после которой мне нужно отработать 3 года в этом гос. органе. Пока учился в ординатуре 2 года, работал в этом гос. органе (работать и учиться стал одновременно), но 2 года обучения не входят в отработку. После окончания ординатуры поступил в аспирантуру (НЕ целевое обучение, в рамках КЦП, бюджет), параллельно отрабатывая в этом гос. органе. Срок отработки в этом гос. органе равен сроку обучения в аспирантуре и составляет 3 года. Дело в том, что уже 4-ый год у меня установлен индивид. График работы в этом гос. органе в связи с обучением (6 рабочих часов в день), который имеется только на бумаге, фактически работаю полный рабочий день (8 ч и более, плюс задерживаюсь, так как объем работы огромный, а сотрудников мало). А оплата труда приходит только за 6 отработанных часов. Сейчас один сотрудник ушел и я вынужден буду работать за двоих, при этом оплата труда будет по индивид. Графику (за 6 рабочих часов). Я не хочу каждый день работать бесплатно 2 часа и плюс еще работать сверхурочно, а если увольняться, то придется выплатить штраф за неотработанную целевую ординатуру, а на данный момент мне остался отрабатывать еще год. Как в этом случае я могу защитить свои права? Возможно ли это? Или у меня только два варианта: все это терпеть еще год или увольняться, выплачивая штраф?