Что делать, если страховые взносы в пенсионный фонд не поступали от следственного комитета при прокуратуре РФ?

Они и не должны поступать в СФР. Денежное довольствие не облагается взносами в указанные фонды. Это закреплено в Налоговом кодексе (подпункт 14 пункта 1 статьи 422 НК РФ). Но НДФЛ (13%) c денежного довольствия удерживается.

Федеральный закон от 30.11.2011 N 342-ФЗ (ред. от 13.07.2015) "О службе в органах внутренних дел Российской Федерации и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации", статья 38 часть 6:

Периоды службы в органах внутренних дел в календарном исчислении засчитываются в общий трудовой стаж, стаж работы по специальности, а также в порядке, установленном законодательством Российской Федерации, в страховой стаж, стаж работы в органах и учреждениях прокуратуры Российской Федерации, стаж военной службы, службы в таможенных органах Российской Федерации, следственных органах и учреждениях Следственного комитета Российской Федерации, федеральной противопожарной службе, органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы и стаж службы (работы) в иных государственных органах и организациях.

Стаж засчитывается, а взносов нет Это в конечном итоге повлияет на размер пенсии, если сотрудника уволят не выработавшим необходимый стаж