Подрядчиком исполнен контракт не в полном объеме, следовательно заказчиком работы приняты также не в полном объеме.

Необходимо смотреть заключенный контракт

Обязательно должен начислить и штраф и неустойку если не соблюдены сроки выполнения работ.

Татьяна, заказчик может насчитать неустойку, на не исполненные в срок обязательства.

Если имело место ненадлежащее исполнение обязательств по контракту со стороны Исполнителя, то Заказчик в силу норм 44-ФЗ, обязан заявить требование о штрафе

Да, заказчик может начислить штраф согласно пункту 3 Правил ПП РФ 1042 за неисполнение или ненадлежащее исполнение подрядчиком обязательств по контракту, в том числе в случае неполного объёма выполненных работ.

Согласно этим правилам, за каждый факт неисполнения или ненадлежащего исполнения поставщиком (подрядчиком, исполнителем) обязательств размер штрафа устанавливается в виде фиксированной суммы:

10% цены контракта (этапа), если цена контракта (этапа) не превышает 3 млн рублей;

5% цены контракта (этапа), если цена контракта (этапа) составляет от 3 млн рублей до 50 млн рублей (включительно);

1% цены контракта (этапа), если цена контракта (этапа) составляет от 50 млн рублей до 100 млн рублей (включительно);

0,5% цены контракта (этапа), если цена контракта (этапа) составляет от 100 млн рублей до 500 млн рублей (включительно);

0,1% цены контракта (этапа), если цена контракта (этапа) превышает 10 млрд рублей.

При этом общая сумма начисленных штрафов за неисполнение или ненадлежащее исполнение обязательств по контракту не может превышать его цену.