Законно ли в таком случае, что нам попросили

Зря подписали, вот и всё

Нет обязанности у руководства отчислять вашего сына по причине уголовного дела. Могут уволить с работы по этой причине только. Но он у вас учиться,а не работает. Вам предложили, вы отчислились. Это ваше право.

По общему правилу студента нельзя отчислить, если он осужден, так как Федеральный закон от 29 декабря 2012 г. N 273-ФЗ "Об образовании в Российской Федерации" не содержит такого основания. Однако, в локальном акте вуза (уставе) может быть установлено основание отчисления студента по вступившему в законную силу обвинительному приговору суда. Также возможно отчисление по инициативе образовательной организации, если обучающийся не будет выполнять обязанности по добросовестному освоению образовательной программы и выполнению учебного плана.

Поэтому требование директора об отчислении в связи с привлечением к уголовной ответственности незаконно. Тем более, что сын еще не осужден.

ч.1 ст.62 этого же закона - лицо, отчисленное из организации, осуществляющей образовательную деятельность, по инициативе обучающегося до завершения освоения основной профессиональной образовательной программы, имеет право на восстановление для обучения в этой организации в течение пяти лет после отчисления из нее при наличии в ней свободных мест и с сохранением прежних условий обучения, но не ранее завершения учебного года (семестра), в котором указанное лицо было отчислено.