Как узаконить дом, выходящий за границы участка?

В таком случае исключительно в судебном порядке.

В суде узаконивайте данную постройку. но суд может признать её и самовольной постройкой. Статья 222 ГК РФ Самовольная постройка. 1. Самовольной постройкой является здание, сооружение или другое строение, возведенные или созданные на земельном участке, не предоставленном в установленном порядке, или на земельном участке, разрешенное использование которого не допускает строительства на нем данного объекта, либо возведенные или созданные без получения на это необходимых в силу закона согласований, разрешений или с нарушением градостроительных и строительных норм и правил, если разрешенное использование земельного участка, требование о получении соответствующих согласований, разрешений и (или) указанные градостроительные и строительные нормы и правила установлены на дату начала возведения или создания самовольной постройки и являются действующими на дату выявления самовольной постройки.

Лицо, осуществившее самовольную постройку, не приобретает на нее право собственности. Оно не вправе распоряжаться постройкой - продавать, дарить, сдавать в аренду, совершать другие сделки.

Как давно Вы делали межевание? Может стоит посмотреть публичную кадастровую карту и свои границы, прежде чем им что-то предлагать. Вам нужно обратиться к кадастровому инженеру и уточнить информацию о границах, а потом уже думать.

А когда дом строился где соседи были?

Живите спокойно. Если сосед считает, что его права нарушены, то пусть обращается в суд.

исключительно в судебном порядке.