Стоит ли подавать на отпуск при наличии эпикриза о негодности к службе?

Писать рапорт на отпуск в данной ситуации бессмысленно.

Краткое юридическое обоснование:

Согласно п. 10 ст. 38 Федерального закона № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», военнослужащий подлежит увольнению с военной службы по состоянию здоровья при признании его военно-врачебной комиссией (ВВК) не годным к военной службе.

Нахождение в основном или дополнительном отпуске предусмотрено для военнослужащих, продолжающих прохождение службы. Поскольку заключение ВВК о негодности является основанием для обязательного увольнения, право на ежегодный отпуск у вас фактически прекращается — вместо него вам положена полная компенсация за все неиспользованные отпуска деньгами (п. 3 ст. 29 Положения о порядке прохождения военной службы).

Направление документов в ЦВВК означает, что решение еще не вступило в законную силу до момента утверждения высшей инстанцией. Однако сам факт наличия эпикриза с рекомендацией об увольнении делает предоставление отдыха перед исключением из списков части юридически необоснованным: командование обязано запустить процедуру исключения из списков личного состава после получения утвержденного заключения.

Что делать вместо этого:

Вам следует подать рапорт командиру воинской части со следующей просьбой:

Дождаться официального утверждения заключения вышестоящей ВВК (ЦВВК).

После поступления утвержденного заключения инициировать процедуру вашего досрочного увольнения по состоянию здоровья (подпункт «в» пункта 1 статьи 51 ФЗ-53).

Произвести с вами окончательный расчет, включающий денежную компенсацию за все накопленные дни основного и дополнительных отпусков, а также иные полагающиеся выплаты.

Если вы напишете рапорт именно на отпуск, командир вправе отказать в нем как в процедуре, которая противоречит установленному основанию для прекращения контракта.