Уважаемый пенсионный фонд, почему моему отцу не выплатили обещанные 1000 рублей за гражданский стаж?

В данном случае правы.

ПФР произвел вычет правильно

Вы можете обратится с письменным запросом в ПФР и вам ответят со ссылкой на зак-во о правомерности удержания.

Трудовой стаж учитывается при решении вопроса о "военной" пенсии (за выслугу) на основании ст.13 Закона РФ от 12 февраля 1993 г. N 4468-1 "О пенсионном обеспечении лиц, проходивших военную службу, службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе, органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, и их семей":

Статья 13. Условия, определяющие право на пенсию за выслугу лет

Право на пенсию за выслугу лет имеют:

а) лица, указанные в статье 1 настоящего Закона, имеющие на день увольнения со службы выслугу на военной службе и (или) на службе в органах внутренних дел, и (или) на службе в Государственной противопожарной службе, и (или) на службе в органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, и (или) на службе в учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы 20 лет и более;

б) лица, указанные в статье 1 настоящего Закона, уволенные со службы по достижении предельного возраста пребывания на службе, состоянию здоровья или в связи с организационно-штатными мероприятиями и достигшие на день увольнения 45-летнего возраста, имеющие общий трудовой стаж 25 календарных лет и более, из которых не менее 12 лет шести месяцев составляет военная служба и (или) служба в органах внутренних дел, и (или) служба в Государственной противопожарной службе, и (или) служба в органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, и (или) служба в учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы.

В выслугу лет для назначения пенсии уволенным со службы офицерам и лицам начальствующего состава органов внутренних дел, Государственной противопожарной службы, органов по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ, может засчитываться также время их учебы до определения на службу (но не более пяти лет) из расчета один год учебы за шесть месяцев службы.

Обжалуйте в суде, госпошлина при подаче иска не платиится.