Недостачи не выявлены на ревизии, но работодатель утверждает обратное - мои права нарушены?

Ревизия, по сути, сравнение данных бухгалтерского учёта (и вообще учёта) с реальным наличием чего бы то ни было. Ревизия - это не просто "пришли и посчитали", она проводится по определённым правилам. В частности, должна быть комиссия, у вас, как у материально ответственного лица должны отобрать расписку, что всё, типа, на месте, после этого в огромную пустографку начинают записывать: по данным учёта столько-то, в натуре - столько-то. Ревизия проходит в присутствии материально ответственного лица. И один экземпляр должны вам были выдать.

Если вы сначала что-то там посчиатли, а потом "вывели остатки" по бухгалтерии, и они не сошлись - то сказать, действительно, можно всё, что угодно.

Я думаю, вам стоит проконсультироваться у адвоката на консультации. Во избежание, всё-таки, возможных уголовно-правовых последствий.

С уважением,

Антон Жаров