Владелец организации не учел наличку при старте бизнеса и попал в проблемы с банком и налоговой - какие наказания и как выйти из ситуации?

Будет проверка

Статья 144. Порядок рассмотрения сообщения о преступлении

[Уголовно-процессуальный кодекс РФ] [Глава 19] [Статья 144]

1. Дознаватель, орган дознания, следователь, руководитель следственного органа обязаны принять, проверить сообщение о любом совершенном или готовящемся преступлении и в пределах компетенции, установленной настоящим Кодексом, принять по нему решение в срок не позднее 3 суток со дня поступления указанного сообщения. При проверке сообщения о преступлении дознаватель, орган дознания, следователь, руководитель следственного органа вправе получать объяснения, образцы для сравнительного исследования, истребовать документы и предметы, изымать их в порядке, установленном настоящим Кодексом, назначать судебную экспертизу, принимать участие в ее производстве и получать заключение эксперта в разумный срок, производить осмотр места происшествия, документов, предметов, трупов, освидетельствование, требовать производства документальных проверок, ревизий, исследований документов, предметов, трупов, привлекать к участию в этих действиях специалистов, давать органу дознания обязательное для исполнения письменное поручение о проведении оперативно-розыскных мероприятий.

будет проверка согласно ст. 144 УПК РФ

Ничего Вам за это не будет. Проверяют в рамках Федерального закона от 7 августа 2001 г. N 115-ФЗ

"О противодействии легализации (отмыванию) доходов, полученных преступным путем, и финансированию терроризма"

Сначала будет проверка. Для лиц, которым перечислялись деньги не будет ответственности.