В нем было указано, что у меня 8 часовой или 12 часовой рабочий день.

Однозначного ответа нет. У Вас явно применяется суммированный учет рабочего времени. И действительно, если учетным периодом является год, переработка буде оплачиваться по результатам этого учетного периода. Все зависит от действующих в организации правил.

ТК РФ.

"Статья 104. Суммированный учет рабочего времени

Когда по условиям производства (работы) у индивидуального предпринимателя, в организации в целом или при выполнении отдельных видов работ не может быть соблюдена установленная для данной категории работников ежедневная или еженедельная продолжительность рабочего времени, допускается введение суммированного учета рабочего времени с тем, чтобы продолжительность рабочего времени за учетный период (месяц, квартал и другие периоды) не превышала нормального числа рабочих часов. Учетный период не может превышать одного года.

Нормальное число рабочих часов за учетный период определяется исходя из установленной для данной категории работников еженедельной продолжительности рабочего времени. Для работников, работающих неполный рабочий день (смену) и (или) неполную рабочую неделю, нормальное число рабочих часов за учетный период соответственно уменьшается.

Порядок введения суммированного учета рабочего времени устанавливается правилами внутреннего трудового распорядка".